2024年度　秋の講習会の開催について

対象者

  • TSUBAMEアカウントをお持ちの東京科学大学の全学生・教職員

下表に記載された全ての講習会にご参加いただけます。

  • TSUBAMEアカウントをお持ちのすべての方

下表に記載された講習会のうち、以下の講習会にご参加いただけます。
　TSUBAME利用法入門編(Linux基礎)、Introduction to TSUBAME(Linux basics)、
　GPUプログラミング、並列化プログラミング、Gaussian / GaussView

注意事項

  • TSUBAME4.0からログイン名が変更になっています。TSUBAMEポータルページのログイン名を確認してから送付してください。
    ログイン名は　ux00000　のような形式です
  • 受講するためにはTSUBAMEのアカウントが必須となります。アカウントをまだお持ちでない場合はこちらのアカウント取得方法をご覧ください。 
  • 今期の講習会は対面開催とオンライン開催があります。オンライン開催の講習のURL等は参加者に後日メールにてご連絡いたします。
  • 対面開催の講習会において、受講者のノートパソコンを利用して受講するものがありますので注意願います。
  • オンライン開催の講習会の録音・録画は禁止です。録音・録画提供も行っておりません。
  • 対面開催の講習会において、演習室の端末を利用する場合は、東京科学大学理工学系ポータルにログインして "TSUBAMEポータル" だけでなく "教育用電子計算機システム（学内限定）" でも事前にパスワードの設定が必要になります。医歯学系の方・学外の方は講習会当日にゲストアカウントを配布する のでこの作業は不要です。
  • 申し込み後に参加できなくなった場合には必ずご連絡ください。無断でキャンセルされた場合、以後の講習会の受講をお断りさせていただきます。
  • TSUBAME利用法 入門編(Linux基礎)以外の各講習会はLinuxの基本的なファイル操作等を習得していることが前提となっています。 これらに習熟していない状態での受講は講習内容の理解に支障をきたし、また基本操作に関しての講習中の質問は進行の妨げとなる可能性がありますので、自信のない方は必ずTSUBAME利用法 入門編(Linux基礎)を受講してから参加してください。

申し込み方法

上記の注意事項をよく読んだ上で、講習会申し込みフォームから申し込んでください。

受理しましたらセンターより受理確認のメールを送信します。(注意)自動返信ではありません。メールアドレスを間違えると受理確認のメールが届きません。数日経っても受理確認のメールが届かない場合には再度申込みをしてください。

受理は先着順となります。

開催成立条件：開催日の１週間前(開催日の一週間前の日が休日の場合は、その休日より前の直近の営業日)の時点で参加申込者が3人以上。ただし※2が記載されている講習会については1人以上で開催されます。
締切：講習会で指定された日か各開催日の前日(開催日の前日が土・日・祝日の場合は、その日より前の直近の営業日)の15時まで（詳細は各講習会の内容欄をご確認ください）

現時点の参加申込者の数はこちらから確認できます。

スケジュール（タイトルが英語表記でないものは日本語での開催であり、英語での質疑応答にはお答えできない場合があります。）

日時講習会タイトル会場人数内容
10/21（月） 13:30-15:30
 ※1, ※2		Introduction to TSUBAME(Linux basics)Computer room 109
on the 1st floor in South Bldg.6,Ookayama South Area,		20＊This lecture  is conducted in English.
＊Nov 7(Thr), it will have the same content.
10/23（水） 13:30-15:30
 ※1, ※2		TSUBAME利用法 入門編(Linux基礎)(すずかけ台)すずかけ台図書館2階
情報ネットワーク演習室		20※10/29（火）,11/22（金）は同じ内容です。

10/24（木） 13:30-16:30

 

 

Gaussian / GaussView大岡山南6号館1階109演習室20

※テキストの電子配付あり
※実習室のPCを使用 
※実習あり

＜講義内容＞
〇GaussView
　・GaussView 概要・基本操作- 分子のモデリング- 計算条件の設定と計算の実行- 計算結果の確認・便利な機能
〇Gaussian
　・Gaussian 概要・使用するファイル- ファイル一覧- 入力ファイル詳細- 出力ファイル詳細・計算化学の基礎- 構造最適化（安定状態と遷移状態）- 溶媒効果・その他の話題- DFTにおける長距離補正/分散力補正- よく使うキーワード- 最新版の情報

10/29（火） 13:30-15:30
 ※1, ※2

 

TSUBAME利用法 入門編(Linux基礎)(大岡山)大岡山南6号館1階109演習室20※10/23（水）、11/22（金）は同じ内容です。
10/30（水) 13:30-16:00Mathematica大岡山南6号館1階109演習室20

※テキストの電子配付あり
※実習室のPCを使用

＜目的＞
Mathematicaは数式を処理したり数値計算を行うだけでなく、画像処理や機械学習などの多くの機能を備えています。基礎から応用事例までを実際に操作することにより、Mathematica の様々な使い方を学ぶことができる講座です。最新バージョンで追加された大規模言語モデル（LLM）との連携についても簡単に紹介します。
＜内容＞
□導入　Mathematicaを使ってできること
□基礎　基本的な使用方法、プログラミングの基礎
□数式処理・数値解析　多項式方程式を解いて解を可視化、微分積分の計算方法、微分方程式を解く方法
□データサイエンス　オープンデータを読込んで整形、整形したデータを可視化
　例）東京の過去の気温を可視化する

11/7（木） 13:30-15:30
 ※1, ※2		Introduction to TSUBAME(Linux basics)Computer room 109
on the 1st floor in South Bldg.6,Ookayama South Area,		20＊This lecture  is conducted in English.
＊Oct 21(Mon), it will have the same content.

11/11（月） 13:30-15:30

 

Schrodingerオンライン
（ハンズオン）		20

※オンライン開催の準備のため11/1（金）の15:00までに申し込みください。

※受講者PCにアプリをインストール 動作環境：
　製品バージョン：Schrodinger Suites 2024-2/
　Windows：Windows 10, version  21H1, 22H2 /
　Windows 11, version 21H2, 22H2, 23H2
　Mac       ：Mac：macOS 12, 13, 14
※ Linuxでも利用可能です。ご希望される方がいらっしゃれば別途ご案内差し上げます。
※テキストの電子配付あり
※操作体験が不要であれば聴講のみでも可


＜講義内容＞
・Maestro 11の基本操作: 各種可視化・描画機能、重ね合わせ機能、解析機能の紹介
・Protein Preparation WizardによるPDBからのシミュレーション用モデルの準備
・2Dリガンドデータベースからドッキング用に最適化された3次元構造データの準備
・Glideによるドッキングスタディー・各種ドッキングポーズの解析機能について

11/12（火） 10:00-17:00Materials Studio大岡山南6号館1階109演習室10

※開催の準備のため10/29（火）の15:00までに申し込みください。

※受講者のノートパソコンを使用（アプリケーションの配布あり）
※受講者側環境での不具合やエラーについての問合せは、講習会内ではお答えできません。
※テキストの配付あり。


＜講義内容＞
各項目では、説明とデモを行い、および時間の許す限りでQ&A
10:00--12:00... Visualizer
12:00--13:00... Lunch
13:00--15:00... Forcite Plus/Amorphous Cell/COMPASS
15:00--15:15... Break
15:55--16:30... DMol3/CASTEP
16:30--17:00... Reflex Plus

11/13（水） 13:30-17:05Amber大岡山南6号館1階109演習室10

※実習室のPCを使用
※テキストの配付あり


＜講義内容＞
Jupyter notebookによる電子ノートブックを作成して作業を行います。
・分子動力学計算概要・Jupyter notebookの説明・ペプチド構造の構築
・構造最適化と分子動力学計算(実溶媒中)・計算ログ解析・トラジェクトリー解析
・様々なPDBファイルの読み込み・実習、実例紹介　・Q＆A

11/14（木） 13:30-17:00並列化プログラミング大岡山南6号館1階109演習室20

※テキストの電子配付あり。

※実習室のPCを使用

並列化プログラミング初心者の方を対象としています。

- 並列化の基礎
- コンパイラオプションによる最適化
- コンパイルレポート等を用いた最適化手法
- プロファイラを用いた最適化手法

11/15（金） 10:00-17:00

 

 

 

Discovery Studio大岡山南6号館2階219演習室10

※開催の準備のため11/1（金）の15:00までに申し込みください。

※受講者のノートパソコンを使用（アプリケーションの配付あり）
※受講者側環境での不具合やエラーについての問合せは、講習会内ではお答えできません。
※テキストの配付あり。


＜講義内容＞
各項目では、説明とデモを行い、および時間の許す限りでQ&A
10:00－12:00 General Introduction and Discovery Studio Client（Discovery Studioの基本的な使い方）
13:00－14:20 Protein Molecular Dynamics Simulation(分子動力学計算)
14:30－15:40 Protein-Small molecule Docking(タンパク質―低分子複合体予測)
15:50－17:00 Protein Homology Modeling（タンパク質構造予測）

11/18（月） 10:00-17:00

 

ABAQUS/CAE入門大岡山南6号館1階109演習室6

※開催の準備のため11/1（金）の15:00までに申し込みください。

※受講者のノートパソコンを使用（Windows 10）（アプリケーション配付あり）
※テキストの配付あり。

Abaqus/CAEはAbaqus専用のプリポストプロセッサです。本コースではAbaqus/CAEの概要とAbaqus/CAEを使用した解析モデルの作成、解析ジョブの投入とモニタ、解析結果の表示までの使用方法について説明いたします。 
＊この講習は実習を含みます。
＊＊本コースは所要2日間の内容を1日に短縮して実施するダイジェスト版です。

11/19（火） 13:30-17:05

 

COMSOL大岡山南6号館1階109演習室20

※開催の準備のため11/5（火）の15:00までに申し込みください。

※受講者のノートパソコンを使用（アプリケーション配布あり）
受講者PC動作要件：https://www.comsol.jp/system-requirements
※テキストの電子配付あり。

＜講義内容＞
初心者を対象に、入門レベルの課題を通じて複数の物理現象を組み合わせたシミュレーションを学習します。
COMSOL Multiphysicsは、電磁場/構造/熱流体/化学反応など物理分野を問わず同じ操作でモデリングが可能です。
本講習で基本的な操作方法をご習得いただければ、ご自身のご研究分野の解析にご活用いただけます。

シングルフィジックスモデリング 1題 (全体の操作フロー解説/CADインポート機能/パラメータ設定方法)
マルチフィジックスモデリング 3～4題 (片方向・双方向の連成解析/3つの物理の連成解析)

11/20（水） 10:00-17:00ANSYS構造解析大岡山南6号館1階109演習室20

※開催の準備のため11/6（水）の15:00までに申し込みください。

※受講者のノートパソコンを使用
※アプリケーション配布あり。受講者PC(Windows10または11)を使用して実習、PC環境が整っていない方は聴講のみ。
※テキストの電子配付あり。

構造解析では、様々な外力や内力により構造物の状態を定量的に把握し分析します。
本セミナーでは、ANSYS Mechanicalを用いて構造解析を考えていらっしゃる方を対象に、解析設定から結果評価までの操作を体験いただけます。
＜セミナー内容＞
ANSYS Workbenchの説明
ANSYS Mechanicalでのプリプロセス（ジオメトリの読み込み、接触設定、メッシュ設定）
ANSYS Mechanicalでの解析設定（静的線形解析、固有値解析、伝熱解析）

11/22（金） 13:30-15:30
 ※1, ※2

 

TSUBAME利用法 入門編(Linux基礎)(大岡山)大岡山南6号館1階109演習室20※10/23（水）、10/29（火）は同じ内容です。

11/25（月） 10:00-17:00

 

 

ABAQUS/Standard & Explicit 入門大岡山南6号館1階109演習室6

※開催の準備のため11/11（月）の15:00までに申し込みください。

※受講者のノートパソコンを使用（Windows 10）（アプリケーション配付あり）
※テキストの配付あり


これから Abaqus/Standard とAbaqus/Explicit を使用して線形問題と非線形問題を解析されるユーザを対象としています。
機能の概要，キーワードによる入力データの作成方法、ジョブの実行方法、解析で発生する問題の解決方法，Abaqus/Viewerによる後処理、結果の見方などが説明されます。 
＊この講習は実習を含みます。
＊＊本コースは所要2日間の内容を1日に短縮して実施するダイジェスト版です。

11/27（水） 10:00-15:00

申込者が3人未満のため中止

 

ANSYS電磁界解析大岡山南6号館1階109演習室20

※オンライン開催の準備のため11/13（水）の15:00までに申し込みください。

※アプリケーション配布あり。受講者PC(Windows10または11)を使用して実習、PC環境が整っていない方は聴講のみ。
※テキストの電子配付あり。

ANSYS HFSS / ANSYS Q3D Extractor / ANSYS Maxwell 3D のいずれかを初めて使用するユーザー様向けです。Desktop（ANSYS HFSS / ANSYS Q3D Extractor / ANSYS Maxwell 3D 共通）で使用される基本概念と用語について学習します。基本例題を使ってモデルを作成し、各種設定から解析までの流れを習得します。


セミナー内容
ANSYS HFSSの基本例題
・ 解析手法とアダプティブオートメッシュ・ 設定と解析の流れ
解析モデルの作成
・ Desktop 画面構成・ プロジェクト・ 基本形状の作成・ 図形の移動・コピー、演算
・ モデルインポートとその修正・ 材料特性の設定・ 境界条件・ 解析設定

11/28（木） 13:30-16:30GPUプログラミング大岡山南6号館1階109演習室20

※テキストの電子配付あり。

※実習室のPCを使用

タイトル：GPU コンピューティング講習会～CUDA 及び OpenACC による GPU コンピューティング入門

概要： 本講座は、CUDA または OpenACC によるプログラミングをこれから学びたいという方が対象です。
NVIDIA GPU のアーキテクチャおよび GPU コンピューティングの基礎について概説するとともに、
TSUBAME4.0上で、ハンズオンコードのビルドと実行を体験していただきます。

11/29（金） 10:00-17:00ANSYS流体解析大岡山南6号館2階219演習室20

※開催の準備のため11/15（金）の15:00までに申し込みください。

※受講者のノートパソコンを使用
※アプリケーション配布あり。受講者PC(Windows10または11)を使用して実習、PC環境が整っていない方は聴講のみ。
※テキストの電子配付あり。


流体解析では、いくつかの演習を通してAnsys Fluent の基本機能の習得を目標とします。また、モデリング上の注意事項、CFD 解析の基本手順などについてもご説明いたします。
＜セミナー内容＞
ANSYS Fluentを使った基本的な解析操作
ANSYS Fluent の機能紹介
ソルバー設定、物性値、境界条件、乱流モデル、伝熱

※1  講義内容は同じなので、どれか1日の参加で結構です。

※2  受講申込者が１人以上で開催されます。