モジュールファイルの命名規則
TSUBAME4ではEnvironment Modules(moduleコマンド)を用いてアプリケーションを管理しています。
moduleコマンドに指定するモジュールファイルの命名規則は以下の通りです。
<module名>/<バージョン>
/<バージョン>は省略可能です。省略した場合、デフォルトバージョン(太字表記)が指定されます。- 本ページでは、デフォルトバージョン・最新バージョンの2バージョンのみ紹介します。全てのバージョンを確認したい場合、module avail <module名> コマンドを使用してください。デフォルトバージョンは年度末の定期メンテナンス時に更新されます。
- アプリケーションによっては1つのバージョンに対して複数のバイナリを用意しています。この場合、バージョン表記の後ろに識別用キーワードを追加しています。
openmpi/5.0.2-gccのようにgcc,intel,nvhpc,cudaといったキーワードを含む場合、ビルドに使用した開発環境を示します。gaussian/16C2_cpuのようにアプリケーション固有のキーワードを持つ場合、module whatis <module名>/<バージョン> コマンドを使用して簡単な説明文を参照できます。
商用アプリケーション
学内利用者以外は利用できるアプリケーションに制限があります。
また、一部アプリケーションについて、ライセンス数の関係から実行時に制限を設けているものがあります。
詳しくは商用アプリケーションの各種制限をご覧ください。
利用方法などについては、TSUBAME4.0利用の手引きおよび各種アプリケーション利用の手引きもご参照ください。
| アプリケーション名 | module名 | 概要 | GPU対応 | バージョン | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 開発環境・ライブラリ | |||||
| Intel oneAPI | intel | CPU向け開発環境 | 2025.3.2 | ||
| NVIDIA HPC SDK | nvhpc | CPU・GPU向け開発環境 | ○ | 26.1_cuda13.1 | |
| AMD AOCC | aocc | CPU向け開発環境 | 4.1.0 | ||
| 有償アプリケーション | |||||
| ANSYS | ansys | 解析ソフトウェア | R26.1 | Academic Research Multiphysics Campus Solutionの機能一覧をご覧ください。 | |
| ABAQUS/ CAE | abaqus | 解析ソフトウェア | ○ | 2026 | |
| Gaussian | gaussian | 量子化学計算プログラム | 16C2_cpu | GPU版はH100対応待ち | |
| GaussView | gaussview | 量子化学計算プログラムプリポストツール | 6.1 | ||
| AMBER | amber | 分子動力学計算プログラム | ○ | pmemd24.01_ambertools25.02 | Ambertools25より、バージョンの命名規則が変更されています。詳細についてはこちらをご参照ください。 |
| Materials Studio | 化学シミュレーションソフトウェア | Materials Studioはアプリケーション配布(Windows)の利用を想定しています。TSUBAME4上では、moduleコマンドを利用せずにAGEによるバッチ実行機能のみ利用可能です。 | |||
| Discovery Studio | 化学シミュレーションソフトウェア | Discovery Studioはアプリケーション配布(Windows)のみの提供です。 | |||
| Mathematica | mathematica | 数式処理ソフトウェア | 14.3 | ||
| COMSOL Multiphysics | comsol | 解析ソフトウェア | 64_u1 | ||
| Schrödinger Small-Molecule Drug Discovery Suite | schrodinger | 化学シミュレーションソフトウェア | 2026-1 | ||
| MATLAB | matlab | 数値計算ソフトウェア | ○ | R2025b R2026a | |
| VASP6 | VASP6 | 量子分子動力学計算プログラム | ○ | 6.4.3/5.0.2-nvhpc | ライセンス所持者によるコンパイル済バイナリへのアクセス権付与の申請はこちら 2025/04/04より、モジュールファイル名がVASP から VASP6 に変更になりました。 |
| VASP6.5 | VASP6.5 | 量子分子動力学計算プログラム | ○ | 6.6.0/5.0.10-nvhpc | ライセンス所持者によるコンパイル済バイナリへのアクセス権付与の申請はこちら |
フリーソフトウェア
利用方法などについては、TSUBAME4.0利用の手引きをご参照ください。module名のないアプリケーションは初期状態で利用可能です。
| アプリケーション名 | module名 | 概要 | GPU対応 | バージョン | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| ソルバ・シミュレータ | |||||
| GAMESS | gamess | ソルバ・シミュレータ | Jun302023R1 | ||
| Tinker | tinker | ソルバ・シミュレータ | 〇 | 8.10.5 | |
| GROMACS | gromacs | ソルバ・シミュレータ | 〇 | 2026.0 | |
| LAMMPS | lammps | ソルバ・シミュレータ | 〇 | 22Jul2025_u3 | |
| NAMD | namd | ソルバ・シミュレータ | 〇 | 3.0.2_multicore-CUDA 3.0.2_verbs-smp-CUDA | バージョンについてはこちらを参照 |
| QUANTUM ESPRESSO | quantumespresso | ソルバ・シミュレータ | 〇 | 7.5 | |
| CP2K | cp2k | ソルバ・シミュレータ | 〇 | 2024.1 | |
| OpenFOAM | openfoam | ソルバ・シミュレータ、可視化 | 11.0 | ||
| OpenFOAM (ESI版) | openfoam-esi | ソルバ・シミュレータ、可視化 | v2312 | ||
| GPU・機械学習・可視化 | |||||
| CUDA | cuda | GPUライブラリ | 〇 | 13.1.1 | |
| CuDNN | cudnn | GPUライブラリ | 〇 | 9.19.0 | |
| NCCL | nccl | GPUライブラリ | 〇 | 2.29.3 | |
| TensorFlow | DeepLearningフレームワーク | 〇 | ユーザー環境にインストール | ||
| DeePMD-kit | deepmd-kit | MD用DeepLearningフレームワーク | 〇 | 2.2.9 | |
| PyTorch | 機械学習 | ユーザー環境にインストール | |||
| R | R | インタプリタ(Rmpi,rpudに対応) | 4.4.0 | ||
| Hadoop | hadoop | 分散データ処理ツール | 3.3.6 | ||
| POV-Ray | pov-ray | 可視化 | 3.7.0.9 | ||
| ParaView | paraview | 可視化 | 〇 | 5.12.0 | |
| VisIt | visit | 可視化 | 3.1.4 | ||
| vmd | vmd | 可視化 | 1.9.4 | ||
| VESTA | VESTA | 可視化 | 3.5.8 | ||
| turbovnc | turbovnc | リモートGUI(X11) 表示 | 3.1.1 3.2 | ||
| VirtualGL | turbovnc | リモートGUI | 〇 | 3.1.1 3.2 | turbovncのmoduleに同梱 |
| Open OnDemand | HPC向けWebポータル | 4.0.10 | |||
| gnuplot | データ可視化 | 5.4.3 | |||
| NVIDIA Nsight Systems | nsys | プロファイラ | 〇 | 2026.1.1_cuda13.1 | |
| その他 | |||||
| GIMP | 画像表示・編集 | 2.99.8 | |||
| Tgif | tgif | 画像表示・編集 | 4.2.5 | ||
| ImageMagick | 画像表示・編集 | 7.1.1-29 | |||
| TeX Live | TeX ディストリビューション | 2020 | |||
| OpenJDK | openjdk | 開発環境 | 1.8.0 11.0.2 23.0.2 | ||
| python | 開発環境 | ( 3.9.18 ) 3.14.3 | moduleコマンドを使用しない場合、バージョン3.9.18を使用します。 その他のバージョンの導入方法 | ||
| ruby | 開発環境 | 3.0.4p208 | |||
| perl | 開発環境 | 5.32.1 | |||
| PHP | 開発環境 | 8.0.30 | |||
| golang | 開発環境 | 1.20.10 | |||
| Emacs | エディタ | 27.2 | |||
| vim | エディタ | 8.2 | |||
| PETSc | petsc | リニアシステムソルバ、ライブラリ | 3.20.4-real | ||
| FFTW | fftw | 高速フーリエ変換ライブラリ | 3.3.10-nvhpc | ||
| Apptainer | コンテナ管理 | 1.2.5-1.el9 | |||
| Spack | spack | ソフトウェアパッケージ管理 | 0.21.2 | ||
| miniconda | miniconda | ソフトウェアパッケージ管理 | 24.1.2 | ||
| PyPl | ソフトウェアパッケージ管理 | 3.9 | |||
| Rbenv | ソフトウェアパッケージ管理 | 1.2.0 | |||
| Alphafold | alphafold | バイオ | 〇 | 2.3.2 | |
| tmux | tmux | 端末多重接続 | 3.3 | ||
| NetCDF | netcdf-parallel | 多次元データフォーマット | 4.9.2/nvhpc24.1 | ||
| HDF5 | hdf5-parallel | 階層データフォーマット | 1.14.3/nvhpc24.1 | ||
| ffmpeg | ffmpeg | 動画・音声処理 | 〇 | 8.0.1 | |
| Automake | automake | コンパイル | ( 1.16.2 ) 1.17 | moduleコマンドを使用しない場合、バージョン1.16.2を使用します。 | |
| Autoconf | autoconf | 環境構築 | ( 2.69 ) 2.72 | moduleコマンドを使用しない場合、バージョン2.69を使用します。 | |
| ninja | ninja | ビルドシステム | 1.12.2 | ||
| MMseqs2 | mmseqs2 | 検索 | 〇 | 17-b804f | |
| Ambertools | ambertools | 分子動力学計算プログラム | 〇 | 25_singlenode 25.02 | Amberライセンスが利用できない方向け。複数ノード実行不可 |
ソフトウェア用データベース
ソフトウェアで利用するデータベースをTSUBAME上に用意しました。
これらのデータベースファイルは容量が大きいため、可能な限り個別にダウンロードすることはお避け下さい。
データベースは月1回程度の頻度で更新を予定しており、デフォルトバージョンは常にTSUBAME上の最新です 。
使用するデータベースを固定する場合、バージョン指定してください。( 例: alphafold2_database/202602 )
| 対応ソフトウェア名 | module名 | 備考 |
|---|---|---|
| バイオ | ||
| Alphafold2 | alphafold2_database | |
| Alphafold3 | alphafold3_database | |
| LocalColabfold | colabfold_database | |