このページでは、利用可能なバージョンについては主にデフォルトバージョンと最新バージョンについてのみ記載してあります。
それ以外の利用可能なバージョンの詳細はTSUBAME上で module avail コマンドにてご確認ください。
商用アプリケーション
学内利用者以外は利用できるアプリケーションに制限があります。
また、一部アプリケーションについて、ライセンス数の関係から実行時に制限を設けているものがあります。
詳しくは商用アプリケーションの各種制限をご覧ください。
| アプリケーション名 | module名 | 概要 | GPU対応 | 利用可能な主なバージョン | ライセンス数 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 開発環境・ライブラリ | ||||||
| Intel oneAPI | intel | CPU向け開発環境 | 2024.0.2 2025.0.0 | |||
| NVIDIA HPC SDK | nvhpc | CPU・GPU向け開発環境 | ○ | 24.1 25.1_cuda12.6 | ||
| AMD AOCC | aocc | CPU向け開発環境 | 4.1.0 | |||
| 有償アプリケーション | ||||||
| ANSYS | ansys | 解析ソフトウェア | 2024R1 2025R1 | 50 | Academic Research Multiphysics Campus Solutionの機能一覧をご覧ください。 | |
| ABAQUS/ CAE | abaqus | 解析ソフトウェア | ○ | 2024 2025 | 50/10 | |
| Gaussian/GaussView | gaussian gaussview | 量子化学計算プログラム/プリポストツール | 16 C.02 | 無制限 | GPU版はH100対応待ち | |
| AMBER | amber amber/22up05_ambertools23up06_cpu amber/22up05_ambertools23up06_gpu amber/22up05_ambertools23up06_py310 amber/24up01_ambertools24up02 amber/24up03_ambertools24up10 amber/pmemd24.01_ambertools25.02 | 分子動力学計算プログラム | ○ | 22up05 24up01 24up03 | 無制限 | Amber + Ambertools |
| Materials Studio | 化学シミュレーションソフトウェア | 2024 2025 | 20 | |||
| Discovery Studio | 化学シミュレーションソフトウェア | 2024 2025 | 20 | |||
| Mathematica | mathematica | 数式処理ソフトウェア | 14.0 14.1 14.2 14.3 | 1000 | ||
| COMSOL Multiphysics | comsol | 解析ソフトウェア | 6.2 u2 6.2 u3 6.3 | 2 | ||
| Schrödinger Small-Molecule Drug Discovery Suite | schrodinger | 化学シミュレーションソフトウェア | 2025-1 | 2 | ||
| MATLAB | matlab | 数値計算ソフトウェア | ○ | R2024a R2024b R2025a R2025b | 無制限 | |
| VASP | VASP6 | 量子分子動力学計算プログラム | ○ | 6.4.2 6.4.3 | ライセンス所持者によるコンパイル済バイナリへのアクセス権付与の申請はこちら 2025/04/04より、モジュールファイル名がVASP から VASP6 に変更になりました。 | |
フリーソフトウェア
| アプリケーション名 | module名 | 概要 | GPU対応 | 利用可能な主なバージョン | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| ソルバ・シミュレータ | |||||
| GAMESS | gamess/Jun302023R1 | ソルバ・シミュレータ | Jun302023R1 | ||
| Tinker | tinker/8.10.5 | ソルバ・シミュレータ | 〇 | 8.10.5 | |
| GROMACS | gromacs/2024 gromacs/2025.1 | ソルバ・シミュレータ | 〇 | 2024 2023-plumed 2024.2-plumed 2025.1 | |
| LAMMPS | lammps/2aug2023_u3 | ソルバ・シミュレータ | 〇 | 2Aug2023_update3 | |
| NAMD | namd/3.0b6 namd/3.0.1 | ソルバ・シミュレータ | 〇 | 3.0b6 3.0 3.0.1 3.0.1_mc 3.0.2_verbs-smp-CUDA 3.0.2_multicore-CUDA | バージョンについてはこちらを参照 |
| QUANTUM ESPRESSO | quantumespresso/7.3.1 | ソルバ・シミュレータ | 〇 | 7.3.1 | |
| CP2K | cp2k/2024.1 | ソルバ・シミュレータ | 〇 | 2024.1 | |
| OpenFOAM | openfoam/11.0 openfoam-esi/v2312 | ソルバ・シミュレータ、可視化 | 11.0 v2312 | ||
| GPU・機械学習・可視化 | |||||
| CUDA | cuda/12.3.2 cuda/12.8.0 | GPUライブラリ | 〇 | 12.3.2 12.8.0 | |
| CuDNN | cudnn/9.0.0 cudnn/9.8.0 | GPUライブラリ | 〇 | 9.0.0 9.8.0 | |
| NCCL | nccl/2.20.5 nccl/2.26.2 | GPUライブラリ | 〇 | 2.20.5 2.26.2 | |
| TensorFlow | DeepLearningフレームワーク | 〇 | ユーザー環境にインストール | ||
| DeePMD-kit | deepmd-kit/2.2.9 | MD用DeepLearningフレームワーク | 〇 | 2.2.9 | |
| PyTorch | 機械学習 | ユーザー環境にインストール | |||
| R | R/4.4.0 | インタプリタ(Rmpi,rpudに対応) | 4.4.0 | ||
| Hadoop | hadoop/3.3.6 | 分散データ処理ツール | 3.3.6 | ||
| POV-Ray | pov-ray/3.7.0.9 | 可視化 | 3.7.0.9 | ||
| ParaView | paraview/5.12.0 paraview/5.12.0-egl | 可視化 | 〇 | 5.12.0 | |
| VisIt | visit/3.1.4 | 可視化 | 3.1.4 | ||
| vmd | vmd/1.9.4 | 可視化 | 1.9.4 | ||
| VESTA | VESTA/3.5.8 | 可視化 | 3.5.8 | ||
| turbovnc | turbovnc/3.1.1 turbovnc/3.2 | リモートGUI(X11) 表示 | 3.1.1 3.2 | ||
| VirtualGL | turbovnc/3.1.1 turbovnc/3.2 | リモートGUI | 〇 | 3.1.1 3.2 | turbovncのmoduleに同梱 |
| Open OnDemand | HPC向けWebポータル | 3.0.3 | |||
| gnuplot | データ可視化 | 5.4.3 | |||
| NVIDIA Nsight Systems | nsys/2025.1.1_cuda12.8 | プロファイラ | 〇 | 2025.1.1 ( cuda12.8 ) | |
| その他 | |||||
| GIMP | 画像表示・編集 | 2.99.8 | |||
| Tgif | tgif/4.2.5 | 画像表示・編集 | 4.2.5 | ||
| ImageMagick | 画像表示・編集 | 7.1.1-29 | |||
| TeX Live | TeX ディストリビューション | 2020 | |||
| OpenJDK | 開発環境 | 1.8.0 11.0.2 23.0.2 | デフォルトは11.0.2 | ||
| python | 開発環境 | 3.9.18 | その他のバージョンの導入方法 | ||
| ruby | 開発環境 | 3.0.4p208 | |||
| perl | 開発環境 | 5.32.1 | |||
| PHP | 開発環境 | 8.0.30 | |||
| golang | 開発環境 | 1.20.10 | |||
| Emacs | エディタ | 27.2 | |||
| vim | エディタ | 8.2 | |||
| PETSc | リニアシステムソルバ、ライブラリ | 3.20.4 | |||
| FFTW | fftw/3.3.10-gcc fftw/3.3.10-intel ffw/3.3.10-nvhpc | 高速フーリエ変換ライブラリ | 3.3.10 | ||
| Apptainer | コンテナ管理 | 1.2.5-1.el9 | |||
| Spack | spack/0.21.2 | ソフトウェアパッケージ管理 | 0.21.2 | ||
| miniconda | miniconda/24.1.2 | ソフトウェアパッケージ管理 | 24.1.2 | ||
| PyPl | ソフトウェアパッケージ管理 | 3.9 | |||
| Rbenv | ソフトウェアパッケージ管理 | 1.2.0 | |||
| Alphafold | alphafold/2.3.2 | バイオ | 〇 | 2.3.2 | |
| tmux | tmux/3.3 | 端末多重接続 | 3.3 | ||
| NetCDF | netcdf-parallel/4.9.2/gcc11.4.1 netcdf-parallel/4.9.2/nvhpc24.1 | 多次元データフォーマット | 4.9.2 | ||
| HDF5 | hdf5-parallel/1.14.3/gcc11.4.1 hdf5-parallel/1.14.3/nvhpc24.1 | 階層データフォーマット | 1.14.3 | ||
| ffmpeg | ffmpeg/6.1.1 ffmpeg/7.1.1 | 動画・音声処理 | 〇 | 6.1.1 7.1.1 | |
| Automake | automake/1.17 | コンパイル | 1.16.2 1.17 | moduleコマンドを使用しない場合、バージョン1.16.2を使用します。 | |
| Autoconf | autoconf/2.72 | 環境構築 | 2.69 2.72 | moduleコマンドを使用しない場合、バージョン2.69を使用します。 | |
| ninja | ninja/1.11.1 ninja/1.12.2 | ビルドシステム | 1.11.1 1.12.2 | ||
| MMseqs2 | mmseqs2/17-b804f | 検索 | 〇 | 17-b804f | |
| Ambertools | ambertools/25_singlenode ambertools/25.02 | 分子動力学計算プログラム | 〇 | 25 25.02 | Amberライセンスが利用できない方向け。複数ノード実行不可 |
ソフトウェア用データベース
ソフトウェアで利用するデータベースをTSUBAME上に用意しました。
これらのデータベースファイルは容量が大きいため、可能な限り個別にダウンロードすることはお避け下さい。
データベースは月1回程度の頻度で更新を予定しており、デフォルト値ではTSUBAME上の最新のデータベースが読み込まれます。
データベースを固定したい場合、module load 時にバージョン指定をしてください。
| 対応ソフトウェア名 | module名 | 備考 |
|---|---|---|
| バイオ | ||
| Alphafold2 | alphafold2_database | |
| Alphafold3 | alphafold3_database | |
| LocalColabfold | colabfold_database | |