2. COMSOL Multiphysicsの使用方法¶

Info

商用アプリケーションの学内利用に際し、ライセンスの利用制限を設けております。ライセンスを占有しないようご協力ください。
ライセンスの占有・長時間利用を確認した場合、予告なくライセンス利用を停止することがあります。
詳細についてはライセンスの制限内のライセンス数の制限についてをご参照ください。

Info

本ページのコマンドライン例では、以下の表記を使用します。
[login]$ : ログインノード
[rNnN]$ : 計算ノード
[login/rNnN]$ : ログインノードまたは計算ノード
[yourPC]$ : ログインノードへの接続元環境

2.1. COMSOL Multiphysicsのコマンドライン実行¶

2.1.1. インタラクティブ実行¶

ログイン方法を参考にログインノードにログイン後、インタラクティブノードを利用したX転送を参考にノードをX転送付きで確保するか、Open OnDemandを利用して計算ノードにログインしてください。
以下以降の例では、全て計算ノードにログインした状態で行います。

2.1.1.1. CUI実行¶

プラズマモジュールのアルゴンガス充填サンプルを用いたインタラクティブ処理を以下に示します。
計算ノードにログインし、実行してください。
以下はあくまでもコマンドサンプルです。実際の計算には入力ファイルが必要となります。

[rNnN]$ cd <利用したいディレクトリ>
[rNnN]$ module purge
[rNnN]$ module load comsol
[rNnN]$ comsol batch -inputfile argon_dbd_1d.mph

24CPUを利用した並列計算
*mphファイルの構成によっては並列計算を行いません。

[rNnN]$ cd <利用したいディレクトリ>
[rNnN]$ module purge
[rNnN]$ module load comsol
[rNnN]$ comsol batch -np 24 -inputfile argon_dbd_1d.mph

ヘルプコマンドの内容
comsol --helpコマンドでコマンドオプションの確認ができます。バージョンによって内容が異なる場合がありますので、利用されるバージョンに合わせてオプションの詳細については適宜確認してください。

[rNnN]$ module purge
[rNnN]$ module load comsol
[rNnN]$ comsol --help

-tmpdir オプション付きで起動することで、COMSOL Multiphysics ソフトウェアは指定ディレクトリをテンポラリファイル保存ディレクトリとして使用します。また、環境変数 COMSOL_TMPDIRを使用することもできます。 COMSOL Multiphysics が環境設定ファイルを格納するディレクトリを指定するには、-presdirオプションを使用します。

2.1.1.2. GUI実行¶

qrshで接続したノードから直接X転送を行う場合は、下記の手順にて接続ください。qrshコマンドについてはTSUBAME4.0利用の手引きのインタラクティブジョブをご確認ください。[TSUBAMEグループ]の部分は、ご自身の所属グループ名に置き換えてください。

[login]$ qrsh -g [TSUBAMEグループ] -l node_f=1 -l h_rt=2:00:00      #qrshの実行
Tue Apr 02 08:17:19 JST 2024
[rNnN]$ module purge
[rNnN]$ module load comsol
[rNnN]$ comsol

GUIでのマルチノード計算を行う場合は以下の例のように実施することで計算可能です。[TSUBAMEグループ]の部分は、ご自身の所属グループ名に置き換えてください。
なお、マルチノード計算はnode_fのみが対象となります。node_f以外を利用する場合は、SSHが利用できません。

GUI並列実行の場合はライブラリの問題があるため、Run Application機能による計算が利用できませんのでcomputeによる計算を実行ください。

[login]$ qrsh -g <TSUBAMEグループ> -l node_f=4 -l h_rt=3:00:00 
[rNnN]$ module purge
[rNnN]$ module load comsol
[rNnN]$ comsol -mpibootstrap ssh -mpihosts `awk '{ print $1 }' $PE_HOSTFILE |xargs | sed -e 's/ /,/g'` -nn `cat $PE_HOSTFILE |  wc -l`

(r17n3:0)
(r10n7:1)
<中略>
Node 0 is running on host: r17n3
Node 0 has address: r17n3
Node 1 is running on host: r10n7
Node 1 has address: r10n7

2.1.2. バッチジョブスケジューラーAGEによる実行¶

qsubコマンドによるバッチ投入が可能です。バッチジョブの詳細については、TSUBAME4.0利用の手引きのバッチジョブをご参照ください。

スクリプト例(test.sh)
オプションの詳細についてはTSUBAME4.0利用の手引きのジョブスクリプトをご確認ください。

#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -N COMSOL_test_job
#$ -l node_f=2
#$ -l h_rt=0:10:00
#$ -V

module purge
module load comsol

export COMSOL_TMPDIR=$T4TMPDIR

comsol batch -mpibootstrap ssh -mpihosts `awk '{ print $1 }' $PE_HOSTFILE |xargs | sed -e 's/ /,/g'` -nn `cat $PE_HOSTFILE |  wc -l`  -inputfile inputfile.mph -outputfile outputfile.mph

2.1.3. ライセンス使用状況の確認¶

ライセンス数や利用状況については下記コマンドで確認してください。

[login]$ lmutil lmstat -S LMCOMSOL -c *****@kvm5:*****@kvm6:*****@ldap2

Info

ポート番号はアプリケーション有効化(TSUBAME4)で購入後に参照可能です。
/apps/t4/rhel9/isv/comsol/t4-license
ポート番号は毎年4月中旬頃変更されます。

2.1.4. 利用可能なモジュール一覧¶

利用可能なcomsolモジュールの確認には、Options->licensed and Used Productsをご確認下さい。