2. 利用方法¶

Info

商用アプリケーションの学内利用に際し、ライセンスの利用制限を設けております。ライセンスを占有しないようご協力ください。
ライセンスの占有・長時間利用を確認した場合、予告なくライセンス利用を停止することがあります。
詳細についてはライセンスの制限内のライセンス数の制限についてをご参照ください。

Info

本ページのコマンドライン例では、以下の表記を使用します。
[login]$ : ログインノード
[rNnN]$ : 計算ノード
[login/rNnN]$ : ログインノードまたは計算ノード
[yourPC]$ : ログインノードへの接続元環境

2.1. TSUBAME4.0での使用方法¶

2.1.1. インタラクティブ実行¶

ログインノードは計算ノードとは別構成となっており、ログインノード上でアプリケーションを実行することは想定されておりません。
ログイン方法を参考にログインノードにログイン後、インタラクティブノードを利用したX転送を参考にノードをX転送付きで確保するか、Open OnDemandを利用して計算ノードにログインしてください。
以下以降の例では、全て計算ノードにログインした状態で行います。

コマンド実行例

割り当てノードはコマンド実行時に空いているノードですので、明示的にノードを指定することはできません。

[login]$ qrsh -g [TSUBAMEグループ] -l cpu_4=1 -l h_rt=2:00:00    #qrshの実行
Thu Apr 11 08:17:19 JST 2024

[rNnN]$ module purge
[rNnN]$ module load matlab
[rNnN]$ matlab               # GUIの起動例
[rNnN]$ matlab -nodisplay    #CUIの起動例

2.1.2. Altair Grid Engineによるバッチ実行¶

下記がバッチ実行に使用するシェルスクリプトのテンプレートです。
予めスクリプトファイルであるMファイルを準備して下さい。

シェルスクリプトの例（sample.sh）
#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -l node_f=2
#$ -l h_rt=0:30:0

#moduleのロード
module purge
module load matlab

#実行したいソフトウェアをバッチモードで実行（AlignMultipleSequencesExample.mが必要）
matlab -nodisplay -r AlignMultipleSequencesExample

以下のコマンドでジョブを投入します。

[login]$ qsub -g [TSUBAMEグループ] sample.sh

2.2. Windowsでの使用¶

TSUBAME上での起動方法を先に紹介しましたが、TSUBAME上ではなく端末側で起動したほうが問題の発生が抑えられます。
利用方法などについてはMATLABのCampus-Wideライセンスの利用をご参照ください。

2.3. ライセンス利用状況の確認¶

MATLABのライセンスについてはMATLABのCampus-Wideライセンスの利用をご参照ください。